מנחים: פרופ' מרים גולדשטיין וד"ר אבישי בר-אשר
נושא הדוקטורט: המיסטיקאי המימוני: שורשי כתבי הרמב"ם במשנתו של ר' אברהם בן הרמב"ם.
אלי עוסק רבות בספרות הערבית-היהודית של ימי הביניים בתחומי ההגות, הפילוסופיה וההלכה. בעבר, היה עורך התרגום של מהדורה חדשה של מורה הנבוכים להרמב"ם שיצא לאור על ידי מפעל משנה תורה. אלי מפרסם בקרוב תרגום לאנגלית של הקדמת הרמב"ם למשנה. התזה שלו לתואר מוסמך עסק בתורת הנבואה של ר' אברהם בן הרמב"ם. בנוסף, אלי עוסק כמה שנים עם פרופ' צבי לנגרמן בהוצאה לאור של פירוש תימני למורה הנבוכים, ומתעניין בספרות של חכמי תימן.