ד"ר מיכאל אבשטיין עוסק בחקר המיסטיקה האסלאמית הקלאסית, בדגש על קשרים בין המיסטיקה הסונית למסורת השיעית. ד"ר אבשטיין מתעניין במיוחד במיסטיקה שהתפתחה באל-אנדלוס, היא ספרד המוסלמית, וביחד עם עמיתים מתחום מדעי היהדות מבקש להתחקות אחר קשרים אפשריים בין המיסטיקה האסלאמית לבין הקבלה.

ד"ר אבשטיין השלים את לימודי התואר השלישי שלו בחוג לשפה וספרות ערבית באוניברסיטה העברית.